Centre Collaborateur OMS pour les Arboviroses et les Fièvres Hémorragiques Virales


L’unité Emergence des Maladies Virales du Département de Virologie, héberge un Centre Collaborateur OMS pour les Arboviroses et les Fièvres Hémorragiques Virales. L’OMS a en effet désigné l’Unité des Maladie Virales Emergentes (UMVE), nouvellement renommée Emergence des Maladies Virales, pour une période de 4 ans, à compter du 18/08/16.


Les missions

Le Centre collaborateur OMS pour les arboviroses et les fièvres hémorragiques virales du CIRMF devra remplir les missions suivantes :

Coopérer avec l’OMS dans sa fonction d’Alerte et de Réponse aux épidémies d’Arbovirus et de Fièvres Hémorragiques Virales susceptibles de survenir dans les pays de la sous-région d’Afrique centrale.

Soutenir l’OMS dans le diagnostic précoce, l’identification et la caractérisation des infections virales causées par les arbovirus et les virus de la fièvre hémorragique virale en utilisant des techniques de référence telles que la biologie moléculaire, la sérologie et l’isolement du viral.

→ Dans le cadre des réponses aux épidémies d’arbovirus et de fièvres hémorragiques virales menées sous la responsabilité de l’OMS, fournir une assistance à l’OMS en offrant des avis d’experts, du personnel ou du matériel lorsque cela est possible.

Informer l’OMS de tout événement épidémiologique ou de laboratoire qui serait associé à un risque de transmission internationale d’une maladie grave: arbovirus, fièvres hémorragiques virales ou autre maladie émergente.

Fournir un soutien technique aux laboratoires nationaux de la sous-région d’Afrique centrale impliqués dans les enquêtes épidémiologiques et de laboratoire lors des ripostes aux épidémies.

Fournir (en quantités limitées) des réactifs et des méthodes de diagnostic aux laboratoires nationaux impliqués dans la surveillance des arbovirus et des fièvres hémorragiques virales.

Pour mener à bien ses missions, le Centre collaborateur OMS pour les arboviroses et les fièvres hémorragiques virales dispose d’infrastructures spécifiques et d’un plateau technique conséquent moderne et de haute technicité.


Des Infrastructures spécifiques

Les arboviroses et les fièvres hémorragiques virales représentent des maladies qui très souvent causées par des virus très pathogènes pour l’Homme et les animaux possédant un potentiel expansif important ou un taux de mortalité élevé. Afin de pouvoir manipuler de tels virus, il est nécessaire de disposer des laboratoires spécifiques.

Le CIRMF possède aujourd’hui un laboratoire de classe P3 qui permet de manipuler les virus dangereux pour l’Homme tels que les arbovirus (chikungunya, dengue, fièvre de la vallée du Rift, zika, fièvre jaune …) et un laboratoire de très haute sécurité qui permet de manipuler les virus les plus dangereux pour l’Homme tels que les virus responsables de fièvre hémorragique (Ebola, Marburg, fièvre de Crimée-Congo …).

Laboratoire à sécurité renforcée

                                                       

Laboratoire de Haute Sécurité


Des moyens techniques de haute technicité

Pour assurer ses missions de diagnostic, le centre possède un plateau technique moderne, automatisé, bien équipé et de haute technicité, comprenant trois domaines

 

1. La sérologie

 

Le centre possède deux chaines ELISA et un Bioplex 200.

La chaine ELISA dose les immunoglobulines de classe M et de classe G spécifiquement dirigées contre différents virus. Aujourd’hui cette technique est principalement utilisée pour le diagnostic d’une infection tardive post-clinique, c’est-à-dire en période de convalescence, ou pour les enquêtes de séroprévalence au sein de populations à risques.

Le Bioplex 200 (Biorad®) utilise la technique luminex pour doser et quantifier toute fraction soluble telle que les immunoglobulines ou différentes protéines pour déterminer la charge virale contenue dans un liquide biologique.

La sérologie est utilisée au centre aussi bien chez l’Homme que les animaux.

Elle a par exemple été utilisée pour évaluer la circulation des virus de la dengue, la fièvre de la vallée du Rift, de la fièvre West Nile et des fièvres Ebola et Marburg au sein des populations humaines au Gabon.

La sérologie a également été utilisée pour la recherche du réservoir du virus Ebola et la circulation des virus Ebola et Marburg au sein des populations de chauves-souris au Gabon.

 

2. La biologie moléculaire

 

Le centre possède un plateau de biologie moléculaire très fourni constitué de :

  • ♦ Trois extracteurs d’acides nucléiques (deux EZ1 et un Qiacube, Qiagen®)
  • ♦ Six thermocycleurs (ou machines à PCR)
  • ♦ Trois appareils de PCR en temps réel (système pour plaques à 96 puits).
  • ♦ Deux chaines d’électrophorèse
  • ♦ Un imageur pour visualiser les fragments génomiques amplifiés
  • ♦ Un séquenceur utilisant la technique sanger
  • ♦ Un séquenceur utilisant le séquençage haut débit (ou next generation sequencing) par la technique illumina (Miseq).

La biologie moléculaire est actuellement la technique de référence utilisée au centre pour le diagnostic des cas suspects en phase symptomatique.

La PCR en temps réelle est utilisée pour le diagnostic d’une infection précise. Cette technique permet le diagnostic rapide d’une infection spécifiquement recherchée.

La PCR dite conventionnelle est utilisée pour amplifier des fragments génomiques non spécifiques d’un virus en particulier mais plutôt d’un genre, d’un groupe ou d’une famille virale. Cette technique est souvent utilisée en complément de la PCR en temps réel pour confirmer, ou pour caractériser rapidement la souche virale impliquée dans un évènement infectieux ou épidémique.

Le séquenceur sanger est utilisé pour séquencer un fragment génomique amplifié par PCR conventionnelle.

Le MiSeq est utilisé quant à lui pour identifier un agent non recherché par PCR ou pour séquencer la totalité du génome d’un virus préalablement mis en évidence par PCR.

La PCR en temps réelle est utilisée au centre pour le diagnostic de routine des infections virales suivantes :

  • ◊ Ebola
  • ◊ Marburg
  • ◊ Crimée-Congo
  • ◊ Lassa
  • ◊ Fièvre de la vallée du Rift
  • ◊ Fièvre jaune
  • ◊ Chikunguya
  • ◊ Dengue sérotypes 1, 2, 3 et 4
  • ◊ Zika
  • ◊ O’nyong nyong
  • ◊ West Nile

En routine, la PCR conventionnelle est utilisée au centre pour le diagnostic d’une infection à filovirus (genre taxonomique incluant les virus Ebola, Marburg par exemple), à alphavirus (genre taxonomique incluant les virus  Chikunguya, O’nyong nyong par exemple), ou encore à flavivirus (genre taxonomique incluant les virus de la Dengue, fièvre jaune, Zika par exemple).

 

3. L’isolement viral

 

Le centre possède des chaines de culture cellulaire permettant l’isolement d’un virus sur lignées cellulaires immortalisées. Cette technique est utilisée pour la confirmation finale d’une infection, pour la caractérisation de la totalité du génome viral ou pour la constitution d’un stock viral qui sera utilisé pour des études ultérieures sur la pathogénicité ou pour fournir les autres centres de recherche en souche de référence.

En routine, le centre réalise la culture sur cellules Véro E6 (cellules immortalisées de reins de singes) ou sur cellules C6/36 (cellules immortalisées de moustiques).

Les cellules Véro ont été utilisées pour isoler les virus Ebola, chikunguya et dengue.

Les cellules C6/36 sont plus spécifiquement utilisées pour l’isolement d’arbovirus qui se répliquent difficilement sur cellules Véro, comme le virus Zika par exemple.